工学部情報工学科の鈴木です．
Moodle2 から Moodle3.5 への移行を行なっているところです．
Moodle3.5 では，旧 Moodle と異なり，工学部のサブカテゴリが作成されていないようです．2019年度からコース制に移行しますので，学科ごとにサブカテゴリを作成しなくなったと思われます．しかし，2018年度とそ霊前の入学者がいますので，これまでの学科のサブカテゴリが必要であると思われます．
コース（学科）で科目名が重複する可能性もあります．その際，工学部のコース名と科目名で Moodle コースを区別する必要があります．
学科制からコース制への移行期ですので，両方必要なのかもしれません．
当面，サブカテゴリは作成せず，上記のように科目名の前に学部コース名などを付けて区別するということで作業を進めるべきでしょうか．ご助言いただけますと幸いです．